Das Bauwerk in seiner heutigen Form ist eine dreischiffige Emporenpseudobasilika mit Dreiseitapsis, Schieferwalmdach und verputztem Mauerwerk. Der Kern der Kirche ist gotisch.
Als Miltenberg, im 13. Jahrhundert, das Stadtrechte erhielt, entstand hier eine erste Kirche. Gegen Ende des 14. Jahrhunderts wurde daraus ein größerer dreischiffiger Bau errichtet. Als dieser 1782 als baufällig erklärt wurde, wurden Pläne für einen Neubau entworfen. Der Umbau zum heutigen Erscheinungsbild erfolgte jedoch erst im 19. Jahrhundert: Die Chorflankentürme mit welschen Hauben und Laternen entstanden 1829 bis 1831, das Langhaus wurde 1830 und 1886 umgebaut, der Chor 1862. 2003/2004 wurde während der Generalsanierung eine Umgestaltung des liturgischen Raumes vorgenommen. Das Bodenniveau wurde dabei erhöht und die Stufenanlage im Chorraum verändert. In diesem Zuge wurde der Altar näher an den Bänken positioniert. Hierzu wurde eine neue Altarinsel geschaffen. Der Tabernakel wurde an der Seite in einem historischen Sakramentshäuschen platziert.
Betritt man das Gotteshaus im Westen, steht man am Taufort der Kirche. Unter dem mächtigen Radleuchter steht ein Muschelbecken aus dem Jahr 1608, welches von Michael Juncker gefertigt wurde. Der Lichtdurchflutete Chorraum, im vorderen Teil des Gotteshauses, hebt sich deutlich vom dunkleren Kirchenschiff ab. Hierdurch wird das im Jahr 2004 frei aufgestellte Bild von Clemens Kaletsch zum Blickfang. Dieses erinnert in seinem Aufbau an einen klassischen Flügelalta. Das Bild kann durch aus- und einklappen der Flügel und aufgrund seiner besonderen Farbigkeit, optisch verändert werden.
Eine Dreikönigsgruppe aus dem Jahr 1400, ist im nördlichen Seitenschiff an der Wand angebracht. Im südlichen Seitenschiff sind als Barockfiguren die beiden Heiligen, St. Nepomuk und St. Jakob zu sehen. Die Außenseiten des Seitenschiffes zieren die 1927 geschaffenen Kreuzwegstationen von Thomas Buscher. eine sehenswerte Madonna findet sich in der Andachtskapelle im nördlichen Seitenschiff sowie ein Altaraufsatz mit sieben Szenen aus dem Leben der hl. Maria aus dem Jahr 1624.
Die Orgel der Kirche besteht zu Teilen noch aus einem Instrument welches 1699 von dem bekannten Orgelbauer Schleich erbaut wurde. Vollends erhalten ist von diesem Instrument das Orgelgehäuse. Unter Wiederverwendung von 13 Registern aus dem Vorgängerinstrument wurde das Orgelwerk von dem Orgelbauer Vleugels (Hardheim) hergestellt. Das Instrument ist als zweimanualiges Werk mit Haupt- und Schwellwerk konzipiert. Die Register des Schwellwerkes stehen auf Zwillingsladen. Der Tremulant im Echowerk, welches als Stoßtremulant ausgeführt ist, wirkt auch für das Solowerk. Viele der Register des Hauptwerkes stehen ebenfalls auf Zwillingsladen. Damit sind sie im Pedal spielbar. Das Instrument hat insgesamt 32 Register (2004 Pfeifen) und vier Transmissionen im Pedal, spielbar auf drei Manualen und Pedal. Das Instrument hat zusätzlich etliche Effektregister, u. a. einen Posaunenengel, der beim Drehen ein Schiffshorn erklingen lässt (sog. Bieber-Boom).
