Eines der bedeutendsten Exponate ist ein Fund, der 1991 bei Ausgrabungen im Dom gemacht wurde: das Grab zweier Kinder, die um das Jahr 700 hier bestattet wurden. Zu den vielen Beigaben, die dieses Grab enthielt, zählen filigranster Goldschmuck, Glas- und Tongefäße sowie kleine Spielsachen, Alltagsgegenstände und Amulette.
Außerdem werden die Kirchenschätze von St. Leonhard und aus der Liebfrauenkirche präsentiert. Viele der hier aufbewahrten Gegenstände stammen aus den aufgegebenen Klöstern der Karmeliter und der Dominikaner. Der Rundgang durch das Museum im Kreuzgang des Doms und durch den zweiten Ausstellungsraum im Haus am Dom vermittelt einen Eindruck des einstigen Reichtums der drei Frankfurter Stiftskirchen.
